根據《外國公司船舶運輸收入征稅辦法》(財稅字[1996]087號)(以下簡稱《征稅辦法》)的規定,外國公司以船舶運輸旅客、貨物或者郵件出境的,其運輸收入和所得應在中國征稅。取得運輸收入的承運人是納稅人。真實方派遣定期租船時,外國公司為納稅人;對于
租船,納稅人是來自東方的外國;中國出租外國船舶,以租賃方式轉租給外國公司的,外國公司為納稅人;外國公司租用的中國籍船舶,納稅人為外國公司,其他外國國籍的船舶,納稅人為其船務公司。繳納營業稅為總收入的3%,企業所得稅為總收入的1.65%。
為進一步加強和完善外國公司航運收入稅收管理和國際航運業對外支付管理,國家稅務總局和外匯局于2001年12月4日發布了《關于加強外國公司航運收入稅收管理和國際航運業對外支付管理的通知》(國稅發〔2001〕139號)(以下簡稱《通知》)。本通知自2002年5月
1日起執行。
(通知)規定,直接或間接向賺取船舶運輸收入的外國公司支付運費的單位或個人,是外國公司應納稅款的扣繳義務人,包括外商獨資船務公司、國家船務代理機構、國際貨運代理以及其他支付國際船舶運輸運費的單位或個人。扣繳義務人每次在境外支付運費前,以
境外支付的運費總額為應納稅所得額總額,按照規定的納稅數列,直接從納稅人的運費總額中扣繳應納稅額。同時,扣繳義務人應向當地主管國家稅務局報送《外國公司船舶所得代扣代繳所得稅報告表》,并向當地稅務局報送《外國公司船舶所得代扣代繳營業稅報告表
》。

根據中國與其他國家簽訂的避免雙重征稅、相互免除航運企業國際運輸收入的協議、航運協議及英國與其他國家的相關協議或換文,外國公司如能享受減免稅,應向當地主管國家稅務局申報(外國公司航運收入企業所得稅免稅證明),向當地主管地方稅務局申報(外國公司航運收入營業稅免稅證明),并提供其他相關證明文件。不申請增免稅或者不提供相關證明文件的,不享受免稅待遇。外國公司未及時提交免稅證明的,應按規定納稅,取得免稅證明后再申請退稅。
扣繳義務人在向國際貿易出口項下的外國公司支付運費時,應當向外匯指定銀行提交完稅證明或者免稅證明。如不能按要求提供完稅證明或免稅證明,則不允許付匯。根據《稅收與牧業征收管理法》規定,扣繳義務人應扣完最后一筆而未征稅的,稅務機關應向納稅人追繳稅款,對扣繳義務人處以已征稅款的50%至3倍的罰款。
無船承運人稅務管理。
根據《國際美韻條例》及相關規定,在中國境內從事NVOCC業務的中國企業法人和境外國際航運公司應向交通部提出申請,并提交相關申請材料,取得《NVOCC經營資格注冊證書》。《國家稅務總局關于國際船舶運輸NVOCC業務使用發票有關問題的通知》(國稅函〔2002〕404號)規定,在中國注冊并依法取得交通部注冊證書(NVOCC經營資格)的企業,可以向稅務機關申請辦理國際船舶運輸行業專用發票的采購和使用。
一時間,NVOCC業務收入是按運輸業營業稅(3%)還是服務業營業稅(5%)繳納,成為爭論的焦點。
認為應按運輸業稅目納稅的,認為從事NVOCC業務的企業接受托運人貸款為承運人,自行簽發提單或運輸證,向托運人收取運費,承擔承運人責任,從事運輸經營活動。因此,按照交通運輸業的稅目納稅。
認為應按服務稅項目納稅的人認為,運輸是指利用運輸工具或人力、畜力將貨物或旅客運送到目的地,使其空間位置得以轉移的經營活動。雖然NVOCC在NVOCC業務中充當承運人,但它不從事稅法規定的運輸業務活動。NVOCC在其商業活動中只以自己的名義而不是以承運人的名義簽發提單。盡管其收入被稱為運費,但其實際收入仍然是從提供運輸業務的組織活動中獲得的服務費收入,無論這種放牧是代理服務費收入還是其他服務費收入。因此,NVOCC業務仍應按服務稅項目征稅。
隨著貨運代理規模和實力的不斷壯大,其業務范圍也在不斷擴大。一些貨運代理除了貸款和船舶代理業務之外,還從事運輸、倉儲等業務活動。雖然所有這些經營活動都要繳納營業稅,但它們屬于不同的營業稅項目,稅率不同。根據稅法規定,納稅人有不同稅目應稅行為的,應當分別計算不同稅目的營業額;營業額未單獨核算的,稅率較高。所以;貨運代理應單獨計算各種業務活動的收入,以避免因會計處理不當而導致多繳稅款。
另外,如果貨運代理人從事物業租賃、貨物運輸、倉儲或其他經營活動,應注意印花稅。機動車、機械設備、船舶等的租賃。,應按物業租賃合同金額的千分之一繳納印花稅。從事貨物運輸的,應當按貨物運輸合同價值的萬分之五繳納印花稅。從事倉儲業務的,應
按倉儲保管合同的1/2繳納印花稅。不開合同,只開單據,或者合同不規范的,按實際計算金額繳納印花稅。




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